ГКНБ установил причастность Арабаева к «злоупотреблению должностным положением», благодаря которому «осуществили рейдерский захват объектов иностранных инвесторов».
В мае 2018 года Сооронбай Жээнбеков уволил Арабаева с поста завотдела судебной реформы и законности аппарата президента. Это случилось после того, как его обвинили в давлении на судей — якобы Арабаев мог увольнять за «неисполнение указов Белого дома».
Также о давлении на судей со стороны Арабаева еще в 2016 года заявлял депутат Канатбек Исаев. Он говорил тогда, что «все решается по звонку Манаса и его заместителя Алмаза» — в администрации президента Атамбаева эту информацию опровергли.