В любом случае, этот народ является одними из первых тюрок, упомянутых в письменных источниках. После разгрома хуннской державы, они находились в сфере китайского влияния и считались формальными вассалами. Правда, тогдашняя императорская династия выделяла их из своих подданных, ведь у их правителей был один родоначальник – основатель династии Тан князь Ли Юань.

Кыргызы, несмотря на свое относительно изолированное положение, сначала тяготели к гуннам, а потом стали подчиняться раннемонгольскому племени жужаней. Впрочем, в середине 6-о века положение изменилось, когда власть над степью перешла к тюркам. Правда, основанный ими каганат был непрочен и стал дробиться на более мелкие владения. Каждое столетие у кочевых народов появлялся новый гегемон.

В середине 9-о века повезло и кыргызам. Они основали собственную державу с центром на юге Сибири. В боях с главными соперниками того времени, уйгурами, была захвачена и большая часть Монголии. Но после исчезновения сильного врага их государство стало распадаться и через сто лет уже не представляло серьезной силы.

Поэтому, когда в 13-м веке пришел к власти Чингисхан, кыргызы заключили договор с монголами и мирным путем вошли в состав их растущей империи. Правда, енисейская часть их народа после неоднократно бунтовала против монгольской власти, зато алтайская оказалась более верной.

Против енисейцев несколько раз выступал в поход Джучи, старший сын Чингисхана. Но несмотря на жестокую войну, они так и не стали послушными подданными и в дальнейшем несколько раз пытались восстановить ту или иную степень самостоятельности, поддерживая монгольских царевичей, бунтовавших против центральной власти.

Именно поэтому в конце 13-о столетия империя, которая теперь больше базировалась в Китае, переселила многих кыргызов подальше после своей изначальной родины. Не зря монголы называли их «лесным народом». Они надеялись, что находясь на равнине, непокорное племя перестанет поднимать восстания.

Считается, что именно в этот период черты кыргызского народа кардинально изменились, так как постепенно они становились все более похожими на монголов. Те, кто остался дома, дал начало современным народам хакасов и алтайцев. Но настоящим центром теперь стали склоны Тянь-Шаня, где поселилась большая часть племени. Так прежние лесовики стали горцами.

Несмотря на то, что кыргызы живут в самом центре Азии и имеют типично монголоидную внешность, у них на удивление европейские гены. По крайней мере, обычная для Восточной Европы гаплогруппа R1a1, имеет среди них 63 % распространения. Для сравнения, у русских ее 47 %, у украинцев 44 %. Это значит, что на начальном этапе своего формирования предки современных киргизов смешались с кочевым индоевропейским населением Великой Степи.